すべての問題を正規表現で解く必要はありません。単純な作業には文字列メソッドの方が速く、読みやすいです。
固定の文字列が含まれているか確認するときは、includes や indexOf が正規表現より速く、意図も明確です。特定の接頭辞・接尾辞の確認は startsWith・endsWith が最適です。こうした単純な判定に正規表現を使うと、かえって読みにくくなります。
固定の区切り文字で分割したり置き換えたりする作業は、split や replaceAll（文字列引数） で十分です。正規表現は区切り文字が複数あったり、繰り返し・条件が混ざったり、パターンが可変だったりするときに初めて真価を発揮します。
正規表現が向いているのは、形式検証、トークン抽出、複雑な置換、複数の候補を一度にマッチする状況です。逆に単純な包含判定・固定置換・固定分割は文字列メソッドの方が優れています。ツールを問題に合わせてください。
判断基準は簡単です。「これを正規表現で書くと読みにくくなるか？」を自問してください。チームメンバーが解読できない正規表現はバグの温床になります。多くの場合、わずかなパフォーマンスよりも可読性の方が重要です。